Древният град Пафос е основан в края на 4 век пр. Н. Е. и първоначално обграден от масивни стени. 

Въпреки че е отстъпен на римляните през 58 г. пр. Н. Е., Той остава центърът на целия политически и административен живот в Кипър. Днес е най-известен със своята хипнотизираща колекция от сложни и цветни мозайки, базирани на древногръцки митове.

Палеа Пафос (Старият Пафос) всъщност е бил Куклия, югоизточно от днешния Пафос и мястото на светилището на Афродита. По времето на Неа Пафос Кипър е бил част от царството на Птолемеите, гръцко-македонските владетели на Египет, чиято столица е била Александрия. Градът се превръща във важен стратегически форпост за Птолемеите и селището нараства значително през следващите седем века.

Първоначално градът е заемал площ от около 950 000 кв. м и е достигнал своя зенит през II или III век сл. Хр. По това време са построени най-пищните обществени сгради в града, включително тези, в които се помещават известните мозайки от Пафос.

Неа Пафос е в упадък след земетресение през 4-ти век, което силно е повредило града. Впоследствие Саламин на изток става новата столица на Кипър, а Неа Пафос е изместен до статут на обикновена епископия. Арабските набези през 7 век налагат печат върху гибелта на града и нито селището Лузинян (1192–1489), нито венецианската и османската колонизация съживяват съдбата на Неа Пафос.

Според митологията Пафос е родният град на гръцката богиня на любовта Афродита. В него са запазени многобройни развалини от римската епоха, като те са всекидневно посещавани от туристи.

Според гръцката митология на лазурния бряг на Пафос Афродита, богинята на любовта и красотата, се е родила от морската пяна. Немалка част от местата в града са свързани с името на богинята. Най-известни сред тях са скалите на Афродита, обителта на Афродита в село Куклия, Баните на Афродита и Фонтанът на любовта. Името на града произхожда от дъщерята на Афродита и Пигмалион, наричана Пафос.

През I век апостол Павел проповядва божието слово в града. Пафос е част от списъка на световното културно и природно наследство на ЮНЕСКО. Непосредствено край града е разположено новооткрито международно летище.

Градът е избран за Европейска столица на културата 2017.

Археологическият обект все още се разкопава, тъй като е широко разпространено мнението, че има много съкровища, които все още трябва да бъдат открити.